הלימודים לתואר השלישי
א. מסלול לימודים ישיר לתואר השלישי
בהתאם למדיניות שנקבעה באוניברסיטת תל-אביב, מעודדת הפקולטה למדעי הרוח תלמידים הלומדים לקראת התואר השני בעלי הישגים גבוהים במיוחד לעבור למסלול הלימודים הישיר לתואר השלישי. בפני תלמידי מכון כהן המתאימים לכך עומדות שלוש אפשרויות למעבר למסלול הישיר לתואר השלישי, לפי תחומי העניין שלהם: בבית הספר להיסטוריה, בבית הספר לפילוסופיה ובבית הספר למדעי התרבות. תנאי הקבלה וההתקדמות נקבעים באופן נפרד בבית הספר שאליו ישתייך התלמיד.
תלמיד העומד בתנאי הקבלה שנקבעו בכל אחד מבתי הספר, לרבות מציאת מנחה אשר ימליץ על קבלתו וילווה את לימודיו בהמשך, יפנה לוועדת ההוראה של המכון, ולאחר מכן למזכירות בית הספר הרלוונטי. ועדת תלמידי המחקר של אותו בית ספר היא אשר תדון בבקשתו.
מסלול הלימודים לתואר השלישי פתוח לבוגרי תואר שני שכתבו עבודת גמר או לבעלי תואר דוקטור מכל תחומי הלימוד האקדמיים. תלמידים המעוניינים בלימודי התואר השלישי במכון יפנו אל יועץ התואר השלישי של המכון (דרך המזכירות) או באופן ישיר אל אחד ממורי המכון. הסכמת אחד ממורי המכון לשמש כמנחה היא תנאי הכרחי לקבלת התלמיד ללימודי התואר השלישי. כתיבת עבודת הדוקטורט תיעשה בליווי מנחה מטעם המכון, ותיתכן הנחייה משותפת עם מרצה ממוסד מוכר אחר להשכלה גבוהה בארץ או בחו"ל.
תלמידי מכון כהן נרשמים כתלמידים לתואר השלישי במסגרת אחד משלושה בתי ספר בפקולטה למדעי הרוח: בית הספר להיסטוריה, בית הספר לפילוסופיה ובית הספר למדעי התרבות, וזאת בהתאם לתחומי העניין שלהם ולנושא מחקרם. נוסף על הגשת עבודת הדוקטורט, חלות על התלמידים חובות שמיעה של קורסים בהיקף של 8 ש"ס לפחות, וזאת בהתאם להמלצת המנחה ויועץ המכון.
הסמינריון המתודולוגי פתוח בפני תלמידי התואר השלישי. הניסיון המצטבר מראה שמדובר במקום מפגש פורה לתלמידי מחקר המתלבטים בקשיים דומים בהכנת עבודותיהם השונות, וכצומת חשוב לחילופי רעיונות ולהקניית הרגלי עבודה נכונים. מומלץ מאוד לקחת בו חלק פעיל.
ג. לימודים לתואר השלישי "מועמד לתלמיד מחקר"
תכנית זו מאפשרת לתלמידים בוגרי תואר שני בכל תחומי הלימוד (הכוללים עבודת גמר או בלא עבודת גמר), המבקשים להשלים את הכשרתם ולגבש נושא מחקר לקראת לימודים לתואר השלישי, להתקבל ללימודים במעמד של "מועמד לתלמיד מחקר". לתלמידים במעמד מיוחד זה נקבעת תכנית לימודים אישית על ידי יועץ המכון ומנחה המחקר, ועליהם לסיימה בתוך שנתיים. בנוסף, תלמידים שסיימו את לימודי התואר השני ללא עבודת גמר יגישו בתום תקופה זו הצעת מחקר ועבודה שוות-ערך לעבודת גמר בתואר השני, בהדרכת מנחה הדוקטורט. כמו במסלול הרגיל לתואר השלישי, הסכמת אחד ממורי המכון לשמש כמנחה היא תנאי הכרחי לקבלה למסלול זה.