התוכנית מאפשרת שני מסלולי לימוד שונים: (1) מסלול מחקרי (הכולל עבודת גמר); (2) מסלול עיוני (ללא עבודת גמר), המיועד לתלמידים שאינם מתכוונים להמשיך ללימודי התואר השלישי. כל תלמיד יבחר במסלול הלימודים תוך התייעצות עם ראש התוכנית, לא יאוחר מתחילת שנת הלימודים השנייה לתואר.

היקף הלימודים במסלול המחקרי (הכולל עבודת גמר): 28 ש"ס (לא כולל לימודי השלמה).

היקף הלימודים במסלול העיוני (ללא עבודת גמר): 36 ש"ס (לא כולל לימודי השלמה).

לאחר שנת לימודים אחת יוכלו תלמידי המסלול העיוני להגיש בקשה לעבור למסלול המחקרי. תנאי המעבר הוא ציון ממוצע של 90 לפחות בקורסים של לימודי שנה א' בהיקף של 12 ש"ס לפחות.

א. לאחר שנת לימודים אחת (ולא יאוחר מתום הסמסטר השלישי ללימודים) יועברו מהמסלול המחקרי למסלול העיוני תלמידים שלא עמדו בדרישות אלה:

1) חובות שמיעה של קורסים בהיקף של 12 ש"ס לפחות, בציון ממוצע של 90 ומעלה.

2) הגשת הצעה לכתיבת עבודת גמר, מאושרת על ידי המנחה ועל ידי ועדת התואר השני של החוג.

ב. לאחר שתי שנות לימודים יועברו מהמסלול המחקרי למסלול העיוני תלמידים שלא עמדו בדרישות אלה:

1) חובות שמיעה של קורסים בהיקף של  24 ש"ס לפחות, בציון ממוצע של 85 לפחות.

2) הגשת עבודה סמינריונית.

הערה: יש להדגיש שסיום הלימודים במסלול העיוני (בציון מתאים) אינו מונע מתלמידים להירשם בעתיד ללימודי התואר השלישי, וזאת בכפוף לתנאי הקבלה.

השתתפות בכל קורס מותנית בעמידה בתנאי הקבלה המיוחדים של אותו קורס.

א. כל תלמידי התוכנית חייבים ללמוד עד סוף שנת הלימודים הראשונה מבואות למדע הדתות (הן אנתרופולוגיה והן פילוסופיה). שעות המבואות והתרגיל אינן נמנות עם שעות הלימוד לתואר השני ומעמדן הוא כמעמד לימודי השלמה בהם חייבים כל תלמידי התוכנית.

ב. כל תלמידי התוכנית חייבים להשתתף במהלך לימודיהם בסמינר מחלקתי אחד לפחות; ללמוד את הקורס "מבוא לדתות עולם" או קורס מקביל; וללמוד קורס אחד לפחות שעניינו נצרות, אחד לפחות שעניינו אסלאם, אחד לפחות שעניינו יהדות ואחד לפחות שעניינו דת שאינה מונותיאיסטית (אלא אם ניתן אישור מיוחד מראש התוכנית לחריגה ממבנה זה). 

קורסי חובה לשני המסלולים, המחקרי והעיוני : 

* שעות המבואות והתרגיל אינן נמנות עם שעות הלימוד לתואר השני ומעמדן הוא כמעמד לימודי  השלמה בהם חייבים כל תלמידי התוכנית.

** לכל חריגה ממבנה זה של קורסי מבוא וקורסי החובה נדרש אישור מיוחד של ראש התוכנית. 

עבודת גמר (מסלול מחקרי):

עם סיום לימודי התואר השני יגישו תלמידי המסלול המחקרי עבודת גמר. נושא עבודת הגמר ייקבע לא יאוחר מתחילת שנת הלימודים השנייה של התלמידים. יש לקבל אישור בכתב ע"ג טופס אישור לכתיבת עבודת גמר ממנחה המחקר.

מבחינת תכניה והיקפה עבודת הגמר בלימודי התואר השני היא מחקר מקדים ואימון מכין לקראת עריכת מחקר משמעותי ובעל משקל בתחום. העבודה אמורה לשקף היכרות טובה של התלמידים עם התחום הנחקר, חשיבה ביקורתית, יצירתיות, מיומנויות מתודולוגיות ומיומנויות של כתיבה אקדמית. כל אלה אמורים לבוא לידי ביטוי במסגרת פרויקט מחקר תחום היטב מבחינת תכניו וממוקד בשאלות ספציפיות.

מספר העמודים המרבי בעבודת הגמר הוא 80 עמודים, ובכללם תקציר בעברית ובאנגלית וכן רשימה ביבליוגרפית. עבודת הגמר תוגש למזכירות התוכנית בשלושה עותקים מודפסים ובעותק דיגיטלי (PDF) שיועבר לספריה (יש למלא טופס הפקדה).

בחינת גמר (מסלול עיוני):

תלמידי המסלול העיוני ייבחנו בבחינת גמר בע"פ בסוף לימודיהם. את מבנה הבחינה ניתן לקבל במזכירות התוכנית.

שפות: תלמידי המסלול המחקרי יידרשו לעמוד בבחינה בשפה זרה שנייה ולהשיג רמת "פטור". במקרים מסוימים יתבקשו התלמידים ללמוד שפה נוספת, אם נושאי התמחותם ועבודת הגמר שלהם יחייבו זאת.