לימודי התואר השני (מוסמך) נועדו להקנות לתלמידים הבנה מעמיקה, מגוונת ורבת פנים של היצירה המקראית. הלימודים נמשכים שנתיים, ולנוחות התלמידים הם רוכזו ביום אחד בשבוע (יום ג).

על התלמידים לקבל ציון "עובר" (60 לפחות) בכל אחד מן הקורסים ובעבודות הסמינריוניות.

על תלמידי כל המסלולים – הן המסלול המחקרי הן המסלול העיוני – חלה חובת לימוד של הקורס "ספרות מסופוטמית וחקר המקרא" בהיקף של 4 ש"ס (הנכללות במניין השעות לתואר). מטרת הקורס להעמיק את ידיעות התלמיד בעולם המקרא, ובמסגרתו נלמדים יסודות השפה האכדית.