הלימודים לתואר "מוסמך אוניברסיטה" מתקיימים במסגרות החוגים או בתי-הספר .
החוגים המציעים לימודים לתואר שני הם:
ארכיאולוגיה ותרבויות המזרח הקדום
ארכיאולוגיה וחומרים ארכיאולוגיים - לא ייפתח בתשע"ט
תוכנית הלימודים הקוגניטיביים של השפה ושימושיה
התוכנית למחקר תרבות הילד והנוער
-
העת העתיקה
-
ימי הביניים
-
העת החדשה המוקדמת
-
אירופה בעת החדישה
-
היסטוריה של ארצות-הברית
-
היסטוריה של אמריקה הלטינית
- חדש - התמחות בינאוניברסיטאית בלימודי רוסיה ומזרח אירופה
המכון להיסטוריה ופילוסופיה של המדעים והרעיונות ע"ש כהן
החוג ללשון העברית ולבלשנות שמית
- ספרות
- מסלול יידיש
התוכנית לתואר השני במדעי הדתות
גאוגרפיה וסביבת האדם - החל מתשע"ח החוג פועל במסגרת הפקולטה למדעים מדויקים