המכון להסטוריה ופילוסופיה של המדעים והרעיונות על שם כהן הוא מכון מחקר ולימודים מתקדמים במסגרת הפקולטה למדעי הרוח באוניברסיטת תל אביב. המכון הוקם בשנת 1983 על ידי פרופסור יהודה אלקנה ז"ל ביחד עם פרופ' עמוס פונקנשטיין ז"ל ונהנה מאז שנת 1989 מפירותיה של קרן עומדת שאותה יסדו בני הזוג ברברה וברט כהן. סגל המכון מונה 12 אנשי סגל קבועים וכן כחמישה מרצים זוטרים. כמו כן שוהים במכון מדי שנה כשלושה חוקרי בתר דוקטור. זהו המכון הגדול והפעיל ביותר בתחומי ההיסטוריה והסוציולוגיה של המדעים והרעיונות בישראל ואחד מששת המכונים המובילים בעולם בתחומו.
המכון מציע קהילה דינמית של תלמידים וחוקרים המשלבים באופן יומיומי בין תחומי ידע ודיסציפלינות מחקריות שונות ומגוונות. שדה הידע המשותף כולל היסטוריה ופילוסופיה של המדעים, בדגש על המתמטיקה, הפיסיקה והמכניקה, הביולוגיה, הסוציולוגיה והפסיכולוגיה, היסטוריה אינטלקטואלית, מדע ופילוסופיה במרחב המוסלמי, סוציולוגיה של הידע, מחשבה פוליטית ותאוריות חברתיות ביקורתיות. סמינר המחקר של המכון, המתכנס מדי שבוע, מספק במה תוססת לדיון ולהצגת מחקרים חדשניים על ידי סגל המכון ותלמידיו ומרצים אורחים מהארץ ומהעולם.