הלימודים במכון מבוססים על תחומי העיסוק המוצהרים ובו בזמן משקפים את תחומי העניין העכשוויים של אנשי הסגל. אלה כוללים: היסטוריה של המדע והיסטוריה אינטלקטואלית, בעיקר אירופאית; פילוסופיה של המדע, בדגש על התקופות שלאחר המהפכה המדעית; אנתרופולוגיה של הידע; היסטוריה ופילוסופיה של הביולוגיה; היסטוריה של הטכנולוגיה; היסטוריה ופילוסופיה של המתמטיקה מהעת העתיקה ועד למודרנה; לימודי תרבות, בדגש על הבטים ביקורתיים שלתרבות המערב; מדע ופילוסופיה במרחב התרבות האסלאמית; הסתכלות ביקורתית על מדע ויהדות, כולל בהקשר של החברה בישראל.

המכון משך אליו במהלך השנים תלמידים רבים לתארים מתקדמים שבאים מרקע אקדמי מגוון ומדיסציפלינות שונות. בין השנים 1983 ו- 2013 הוגשו במסגרת המכון כ-145 עבודות מ.א. ולמעלה מ- 85 עבודות ד"ר. גוף הסטודנטים עומד כיום על כ- 130 תלמידי תואר שני וכחמישים תלמידי דוקטורט. בהערכה גסה ניתן לחלק את תלמידי שלוש השנים האחרונות על פי הרקע האקדמי שלהם בין מדעי הרוח, מדעים מדוייקים ומדעי החיים, אמנות, ומשפטים, כאשר הרוב הגדול (כ - 70%) מגיעים מתחומי מדעי הרוח והמדעים המדוייקים.

תלמידי התואר השלישי במכון משוייכים לאחד משלוש בתי הספר הבאים במסגרת הפקולטה למדעי הרוח: ביה"ס להיסטוריה, ביה"ס לפילוסופיה, ביה"ס למדעי התרבות. המכון גם פועל בשיתוף פעולה עם מחלקות אחרות של האוניברסיטה כדוגמת ביה"ס לרפואה, והמחלקות למתמטיקה, היסטוריה ופילוסופיה. בנוסף לכך פעילויות רבות מתבססות על שיתופי פעולה עם מכון ון-ליר בירושלים, כמו גם עם המחלקות המקבילות באוניברסיטאות אחרות בישראל: מרכז אדלשטיין להיסטוריה ופילוסופיה של המדע, הטכנולוגיה והרפואה באוניברסיטה העברית בירושלים, התכנית להיסטוריה ופילוסופיה של המדע באוניברסיטת בר אילן והמחלקות המקבילות באוניברסיטת חיפה ובאוניברסיטת בן גוריון. המכון גם מנהל קשרים קבועים ושיתופי פעולה עם מכונים מובילים בעולם ובמיוחד עם המכון לפילוסופיה והיסטוריה של המדע באוניברסיטת בוסטון ועם מכון מקס פלנק לחקר ההיסטוריה של המדע בברלין.