מסלולי הלימודים לתואר משקפים את התפישה הבסיסית של מכון כהן כמרכז תוסס של פעילות אינטלקטואלית מגוונת, על פי סטנדרטים גבוהים של הצטיינות אקדמית. המכון רואה את תלמידיו כחלק אורגני מקהילה רחבה, ומזמין אותם ליטול חלק אקטיבי בכל פעילויותיו, לרבות חובת נוכחות בסמינר המחקר השבועי של המכון.

מכון כהן מציע תכנית לימודים לקראת תואר שני בהיסטוריה ופילוסופיה של המדעים והרעיונות: מסלול עיוני (ללא עבודת גמר) ומסלול מחקרי (כולל עבודת גמר). כמו כן, מציע המכון מסלול לימודים לקראת תואר דוקטור בפילוסופיה (PhD). סטודנטים המעוניינים להצטרף למסלולי הלימודים השונים במכון נדרשים לעמוד בחובות השלמה אשר נקבעות לכל תלמיד/ה בנפרד, בהתאם לרקע האקדמי שלו או שלה. בנוסף לקורסים הניתנים ע"י מרצים מסגל המכון הקבוע, מזמין מכון כהן מדי שנה, במסגרת קתדרת סילברמן, מורים אורחים מחו"ל, וביניהם חוקרים בולטים מתחומי ההיסטוריה, הפילוסופיה והסוציולוגיה של המדעים והרעיונות.

המכון מקיים מערך ייעוץ על מנת לסייע לכל מועמד או מועמדת לבחור את מסלול הלימודים המתאים ביותר.