בהתאם למדיניות שנקבעה באוניברסיטת תל-אביב, מעודדת הפקולטה למדעי הרוח תלמידי תואר שני בעלי הישגים גבוהים במיוחד לעבור למסלול הלימודים הישיר לתואר שלישי. בפני תלמידי מכון כהן המתאימים לכך עומדות שלוש אפשרויות למעבר למסלול ישיר לתואר שלישי, לפי תחומי העניין שלהם: בביה"ס להיסטוריה, בביה"ס לפילוסופיה, או בביה"ס למדעי התרבות. תנאי הקבלה וההתקדמות נקבעים בכל אחד מבתי הספר בנפרד.
לתקנון מפורט של ביה"ס להיסטוריה, למסלול ישיר לדוקטורט, הקישו כאן.
לתקנון מפורט של ביה"ס לפילוסופיה, למסלול ישיר לדוקטורט, הקישו כאן.
לתקנון מפורט של ביה"ס ללימודי תרבות, למסלול ישיר לדוקטורט, הקישו כאן.

תלמיד העומד בתנאי הקבלה שנקבעו בכל אחד מבתי הספר, לרבות מציאת מנחה אשר ימליץ על קבלתו וילווה את לימודיו בהמשך, יפנה לועדת ההוראה של המכון, ולאחר מכן למזכירות ביה"ס הרלוונטי. ועדת תלמידי המחקר של אותו ביה"ס היא אשר תידון בבקשתו.

לימודי התואר השלישי:

מסלול הלימודים לתואר השלישי פתוח לבוגרי תואר שני עם תזה או לבעלי דוקטורט מכל תחומי הלימוד האקדמיים. תלמידים המעוניינים בלימודי התואר השלישי במכון יפנו אל יועץ התואר השלישי של המכון (דרך המזכירות) או באופן ישיר אל אחד ממורי המכון. הסכמת אחד ממורי המכון לשמש כמנחה היא תנאי הכרחי לקבלת התלמיד/ה ללימודי התואר השלישי. כתיבת עבודת הדוקטורט תיעשה בליווי מנחה מטעם המכון, ותיתכן גם הדרכה משותפת עם מרצה ממוסד מוכר אחר להשכלה גבוהה בארץ או בחו"ל.

תלמידי מכון כהן נרשמים כתלמידים לתואר שלישי במסגרת אחד משלושה בתי ספר בפקולטה למדעי הרוח: ביה"ס להיסטוריה, ביה"ס לפילוסופיה, או ביה"ס למדעי התרבות , וזאת בהתאם לתחומי העניין שלהם ולנושא מחקרם. במסגרת הלימודים לתואר השלישי התלמידים נדרשים להשתתף, בשנתיים הראשונות מאז הרשמתם, בקורסים שונים בהתאם לרקע הלימודי שלהם. ההרכב המדוייק של הקורסים יקבע על ידי בתי הספר בהתייעצות עם המנחה. 

הסמינר מתודולוגי של תלמידי ה-MA פתוח בפני תלמידי התואר השלישי. הנסיון המצטבר מראה שמדובר במקום מפגש פורה לתלמידי מחקר המתלבטים בקשיים דומים בהכנת עבודותיהם השונות, וכצומת חשוב לחילופי רעיונות והקנית הרגלי עבודה נכונים. מומלץ מאוד לקחת בו חלק פעיל.

לימודים לתואר שלישי כמועמדים לתלמידי מחקר:

תכנית זו מאפשרת לתלמידים בוגרי תואר שני, עם או בלי תזה, המבקשים להשלים את הכשרתם ולגבש נושא מחקר לקראת לימודים לתואר שלישי, להתקבל ללימודים במעמד של "מועמד לתלמיד מחקר". לתלמידים במעמד זה נקבעת תכנית לימודים אישית על-ידי יועץ המכון ומנחה המחקר, שעליהם לסיים בתוך שנתיים. בנוסף, תלמידים שסיימו תואר שני ללא תזה יגישו בתום תקופה זו הצעת מחקר ועבודה שוות-ערך לעבודת גמר בתואר השני , בהדרכת מנחה הדוקטורט. כמו במסלול הרגיל לתואר השלישי, הסכמת אחד ממורי או מורות המכון לשמש כמנחה היא תנאי הכרחי לקבלה כתלמיד/ה מן המניין לתואר שלישי. הסכמה זאת תינתן באופן פורמלי רק לאחר השלמת תכנית הלימודים האישית שנקבעה למועמד/ת ועמידה בחובותיה. יחד עם זאת, מילוי החובות האקדמיות הכרוכות בתכנית אין בה כשלעצמה כדי להבטיח הסכמה כאמור.