במוקד פעילותו של מכון כהן עומדים המחקר וההוראה על ההיסטוריה, הפילוסופיה והסוציולוגיה של המדעים המדויקים, של מדעי הטבע ושל מדעי האדם, וכן של העשייה הטכנולוגית והאמנותית. הידע המדעי והרעיונות מתחומים אחרים נחקרים ונלמדים במכון בהקשרים תרבותיים רחבים בזיקה לדת, לפוליטיקה, למוסר ולאמנות. נושאי ההוראה במכון כוללים סוגיות שונות בהיסטוריה של הידע המדעי מהעת העתיקה ועד ימינו, כגון הפילוסופיה והסוציולוגיה של מדעי החיים; ההיסטוריה והפילוסופיה של המדעים הפיזיקליים; ההיסטוריה והפילוסופיה של המתמטיקה; ההיסטוריה האינטלקטואלית של תרבות המערב, האסלאם והיהדות. לצד אלה המכון מקיים גם קורסים בהיסטוריה של מדעי החברה, בתאוריות של ביקורת תרבות, בפרקים בתולדות הפסיכולוגיה ועוד.
המכון נמצא בשיח פעיל ומתמיד עם חוגים מכל הפקולטות, ותלמידים מכל רחבי הקמפוס ובכל רמות התארים משתתפים בקורסים שלו.
בנוסף, שיתוף פעולה עם מכון ון ליר בירושלים ועם מרכז אדלשטיין להיסטוריה ולפילוסופיה של המדע, הטכנולוגיה והרפואה באוניברסיטה העברית מניב מגוון של פעילויות אקדמיות. הבולטות בהן הן (1) "קולוקוויום בר-הלל", סדרת הרצאות שנתית, אליה מוזמנים חוקרים ידועי שם בתחום, מרביתם מחו"ל; (2) "הסדנה הבין-לאומית השנתית" המתמקדת בכל שנה בשאלה מחקרית עכשווית בתחום, ומזמנת את טובי החוקרים העוסקים בה בעולם.
כתב העת האקדמי הבין-לאומי Science in Context נוסד ונערך במכון כהן, בשיתוף עם מכון מקס פלאנק לתולדות המדעים בברלין, ובגיבוי ועדת עורכים מן האוניברסיטאות המובילות בעולם. כתב העת מוקדש למחקר וללימוד המדעים מנקודת ראות היסטורית וסוציולוגית, תוך הדגשת ההקשר הרחב של התפתחות הרעיונות והמוסדות המדעיים. כתב העת יוצא לאור ב- Cambridge University Press.
לימודי תרבות הרשת
מכון כהן והתוכנית הרב-תחומית במדעי הרוח חברו יחדיו להציע הדגש לימודי וערוץ מחקרי לסטודנטים לתואר שני שמבקשים מבט רחב ומגוון בכל הקשור לתרבות הדיגיטלית ולחברת הרשת תוך התבוננות, מזווית ראיה רחבה וביקורתית, בכל רבדיה וגילוייה התרבותיים, החברתיים וההגותיים של המהפכה הדיגיטלית בכלל ושל חברת-הרשת בפרט. את היוזמה הזאת מנחה האמונה כי מסגרת מדעי הרוח מאפשרת לעצב תוכנית מחקר אישית לתלמידי תואר שני, המבוססת על דיסציפלינות כהיסטוריה, ספרות, לינגוויסטיקה וחקר התרבות. כל אלה מהווים יחדיו ארגז כלים מצוין לכל מי שמבקש לעסוק בשאלות פילוסופיות והיסטוריות הקשורות בעצם מושג הרשת, הווירטואליות, חברת הרשת (כפנומן היסטורי) והזיקות שבין כל אלה להיסטוריה של המדע והטכנולוגיה. הקורסים עוסקים במגוון נושאים בין השאר: באינטרנט כפנומן טכנו-חברתי, בסובייקט הרשתי וברפרטוארים התרבותיים החדשים (כמו למשל, משחקי המחשב ושאר סימולציות) המאפיינים את הארגון הרשתי ובכלל זה, המהפך המתחולל ביחסי צרכנים-יצרנים בשדה התרבותי. כמו כן, בהיסטוריה התרבותית של הסייבר, בעולם הסימנים של התקשורת הסימולטנית ובהקשר זה, בשפה הנוצרת במרחבים הללו ובתוצאותיה הפוליטיות. וכמובן, בשאלת הטכנולוגיה הדיגיטלית ויחסה להיסטוריה של הטכנולוגיה בכלל, בזיקות המתקיימות בין המחשבה הביולוגית-אבולוציונית לבין האדם הווירטואלי ולבסוף, בשאלת האוטופיה הטכנולוגית לדורותיה.