א. מסלול לימודים ישיר לתואר השלישי
בהתאם למדיניות שנקבעה באוניברסיטת תל-אביב, מעודדת הפקולטה למדעי הרוח תלמידים הלומדים לקראת התואר השני בעלי הישגים גבוהים במיוחד לעבור למסלול הלימודים הישיר לתואר השלישי. תלמידי מכון כהן שלומדים לתואר השלישי שייכים לבית הספר לפילוסופיה, בלשנות ולימודי מדע אליו משתייך המכון. תנאי הקבלה וההתקדמות נקבעים על ידי מוסדות בית הספר.
תלמיד/ה העומד/ת בתנאי הקבלה שנקבעו על ידי בית הספר, לרבות מציאת מנחה אשר ת/ימליץ על קבלתו/ה ות/ילווה את לימודיו/ה בהמשך, ת/יפנה למכון ולאחר מכן למזכירות בית הספר לפילוסופיה, בלשנות ולימודי מדע. ועדת תלמידי המחקר של בית הספר היא אשר תדון בבקשתו.
מסלול הלימודים לתואר השלישי פתוח לבוגרי תואר שני שכתבו עבודת גמר או לבעלי תואר דוקטור מכל תחומי הלימוד האקדמיים. תלמידים המעוניינים בלימודי התואר השלישי במכון יפנו אל יועץ התואר השלישי של המכון (דרך המזכירות) או באופן ישיר אל אחד/ת ממורי המכון. הסכמת אחד/ת ממורי המכון לשמש כמנחה היא תנאי הכרחי לקבלת התלמיד/ה ללימודי התואר השלישי. כתיבת עבודת הדוקטורט תיעשה בליווי מנחה מטעם המכון, ותיתכן הנחייה משותפת עם מרצה ממוסד מוכר אחר להשכלה גבוהה בארץ או בחו"ל.
תלמידי מכון כהן נרשמים כתלמידים לתואר השלישי במסגרת בית ספר לפילוסופיה, בלשנות ולימודי מדע. נוסף על הגשת עבודת הדוקטורט, חלות על התלמידים חובות שמיעה של קורסים בהיקף של 8 ש"ס לפחות, וזאת בהתאם להמלצת המנחה ויועץ המכון ובתיאום עם ועדת ההוראה של בית הספר.
הסמינר המתודולוגי פתוח בפני תלמידי התואר השלישי. הניסיון המצטבר מראה שמדובר במקום מפגש פורה לתלמידי מחקר המתלבטים בקשיים דומים בהכנת עבודותיהם השונות, וכצומת חשוב לחילופי רעיונות ולהקניית הרגלי עבודה נכונים. מומלץ מאוד לקחת בו חלק פעיל.
ג. לימודים לתואר השלישי "מועמד לתלמיד מחקר"
תוכנית זו מאפשרת לתלמידים בוגרי תואר שני בכל תחומי הלימוד (הכוללים עבודת גמר או בלא עבודת גמר), המבקשים להשלים את הכשרתם ולגבש נושא מחקר לקראת לימודים לתואר השלישי, להתקבל ללימודים במעמד של "מועמד לתלמיד מחקר". לתלמידים במעמד מיוחד זה נקבעת תוכנית לימודים אישית על ידי יועץ המכון ומנחה המחקר, ועליהם לסיימה בתוך שנתיים. בנוסף, תלמידים שסיימו את לימודי התואר השני ללא עבודת גמר יגישו בתום תקופה זו הצעת מחקר ועבודה שוות-ערך לעבודת גמר בתואר השני, בהדרכת מנחה/ת הדוקטורט. כמו במסלול הרגיל לתואר השלישי, הסכמת אחד/ת ממורי המכון לשמש כמנחה היא תנאי הכרחי לקבלה למסלול זה.