לימודי התואר השני הם לימודים בחוג אחד, ובמקרים מיוחדים - צירוף לימודים ביותר מחוג אחד. במקרה כזה תוקם ועדה מיוחדת לצורך הכנת תוכנית הלימודים. הוועדה תורכב מנציגי החוגים שבהם ילמד התלמיד ומיו"ר ועדת ההוראה הפקולטטית.
משך הלימודים הוא שנתיים (ארבעה סמסטרים). התלמידים חייבים להשלים את כל חובותיהם לתואר השני בתוך שנתיים מיום תחילת לימודיהם.
הארכת משך הלימודים מעבר לשנתיים מותנית באישורו של ראש בית הספר או ראש החוג. כל בקשה לאישור המשך לימודים מעל לשלוש שנים תועבר לוועדת ההוראה הפקולטטית. אישורים כאלה יינתנו רק במקרים מיוחדים.